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晚期胃肠间质瘤指的是已经出现了复发转移，已经没有了手术治疗的机会。目前主要是以靶向治疗为主，靶向药物目前有一线、二线，三线、四线的选择，一线主要是伊马替尼、二线是舒尼替尼、三线是瑞戈非尼、四线是瑞派替尼，常见如下：1、一线药物：伊马替尼可以有效针对C-KIT的基因活化，一般作为一线治疗药物，治疗不可切除或者手术以后复发转移的晚期间质瘤患者，但容易产生耐药，耐药以后会出现疾病进展，包括局部进展，以及广泛性的进展；2、二线药物：对于伊马替尼治疗失败或耐药以后发生进展的晚期间质瘤，可以选用二线的舒尼替尼进行治疗；3、三线药物：如果舒尼替尼失败以后再次耐药，就进入到了三线治疗，三线药物主要是瑞戈非尼，瑞戈非尼对伊马替尼和舒尼替尼治疗都失败的进展期晚期间质瘤能够延长PFS(无进展生存期)；4、四线药物：瑞派替尼是晚期胃肠间质瘤四线治疗的标准，是作用机制不同的新药，能够延长一线、二线、三线靶向药物，治疗失败的患者生存，提高患者的生活质量，尤其是安全性较好，可以加量，给患者带来更多的治疗机会，同时客观缓解率比较高，可能给患者带来局部治疗的机会。晚期胃肠间质瘤患者的预后一般比胃癌要好，因为生物学行为相对比较慢，因此患者不要过分焦虑，应保持良好的心态，积极配合医生的治疗。