典型的急性期症状与其他非淋病性生殖泌尿系统感染相似，表现为尿道刺痛，不同程度的尿急及尿频、排尿刺痛，特别是当尿液较为浓缩的时候明显。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，多需用力挤压尿道才见分泌物溢出，常于晨起尿道口有少量粘液性分泌物或仅有痂膜封口，或见污秽裤裆。约有三分一的病人可无任何自觉症状。只是在例行检查时才被发现。50%病人初诊被忽略或误诊，约有10%-20%的患者同时有淋球菌双重感染。
新生儿通过感染的产道、生后3-13天可发生眼结膜炎，眼部有粘液脓性分泌物，也可无分泌物。但多不侵犯角膜。下生后2-3周可发生肺炎。症状不断加重，呼吸急促为其特点，但不发热。其中半数患儿有眼结膜炎。极少数病人可伴发Reifer综合征：尿道炎、关节炎、角膜炎、结合膜炎及皮疹。
常与淋病同时感染。前者先出现淋病症状，经抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，而衣原体、支原体依然存在。在感染1-3周后发病。临床上很易被误认为淋病未治愈或复发。处理不当或治疗不及时可引起并发症(1%)。如急性附睾炎、前列腺炎、结肠炎、咽炎。女性宫颈炎、宫颈糜烂、前庭大腺炎、阴道炎、输卵管炎、盆腔炎、异位妊娠等。宫颈炎是最常见的合并症。合并宫颈炎者，近一半病人无症状。有症状者主要体征为宫颈管白带多，呈粘液脓性分泌物，充血和水肿也常发生。而宫颈炎不经治疗，30%～40％将上行发展成为子宫内膜炎，8%～10％发展成为输卵管炎，可导致慢性腹痛、盆腔炎、不育、宫外孕等。
尿道炎医治本病可有症状或无症状，亚临床感染可持续存在多年。无论有症状还是无症状，其后果同样严重：除尿道炎、眼结膜炎外，可引起其他生殖器官炎症，如附睾炎、前列腺炎、输精管炎、宫颈炎、阴道炎、输卵管炎及盆腔炎等，最后导致不育症和异位妊娠，也可感染婴儿引起结膜炎和肺炎。男性同性恋者，可患直肠炎及咽炎。
尿道炎医治女性非淋女性非淋菌性尿道炎的特点是症状不明显或无任何症状。当被感染引起尿道炎时，约有50％有尿频、尿道灼热感或排尿困难，尿道口可发现有少许浆液样或粘液脓性分泌物，但一般无尿痛或仅有轻微尿痛的症状。有时宫颈也有炎症或糜烂，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞(高倍镜下每视野超过10个)。检查时发现，宫颈水肿、糜烂，白带增多，所以经常造成外阴或阴道瘙痒。前庭大腺患病的女病人，前庭大腺肿大，局部红肿，也可能形成脓肿，需要切开引流。合并有输卵管炎、子宫内膜炎、盆腔炎的病人，会出现相应的症状。
尿道炎医治男性非淋菌性尿道炎症状比淋病轻，起病不如淋病急，症状拖延，时轻时重。尿道有刺痒感或灼热感，偶有刺痛感，尿道口有分泌物，但较淋病的分泌物稀薄，为清稀状水样粘液性或淡黄色粘膜脓性，分泌物量也较淋病少。在长时间未排尿或晨起首次排尿前才逸出少量分泌物，有时仅表现为晨起痂膜封住尿道口（呈粘糊状，称糊口。痂膜易被尿流冲掉。）或裤裆污染，有分泌物附着。检查时，有的需由后向前按挤前尿道才可能有少许分泌物由尿道口溢出。有时病人有症状无分泌物，也可无症状而有分泌物。有时病人无任何自觉症状。初诊时很易被漏诊。
