喷门癌鉴别诊断包括贲门痉挛（贲门失弛缓症）、食管下段慢性炎症导致的狭窄，以及贲门部消化溃疡等。贲门痉挛病例的临床特点是年轻、病史长、吞咽困难病史长，但仍能保持中等的健康状况。X线食管造影可见对称光滑的贲门上方漏斗形狭窄及其近侧段食管高度扩张。
五 细胞学检查 ：细胞学检查又称拉网细胞学检查；贲门癌的细胞学检查的阳性率低于食管癌。对具有反复使用钡餐透视及纤维镜检查未能发现病灶或有可疑病灶而未能确诊者，进行拉网细胞学检查，能提高检出率，拉网细胞学检可为诊断提供很好的依据。
四 CT检查：贲门癌的CT检查能够了解贲门部与食管及周围脏器的关系。肿瘤侵润的情况、大小、部位、食管壁的增厚，上段食管扩张，淋巴结及远处脏器转移等情况。有利于贲门癌与食管癌的诊断和鉴别诊断。
贲门癌的鉴别诊断三 B超检查：贲门部B超检查可以发现贲门癌的位置、形态、大小、与周围组织关系以及癌肿侵润食管深度及附近淋巴结是否肿大能显示清楚，有助于贲门癌和食管癌的早期诊断。
贲门癌的鉴别诊断二 内腔镜检查：纤维食管镜或胃镜均可以作为诊断贲门癌的重要的检查方法。可以了解病灶发生的部位、长度、食管狭窄程度等的诊断。贲门癌没有明确确诊时应在短期内做内腔镜复查。
贲门癌的鉴别诊断一 X线钡餐造影检查：X线钡餐造影检查是贲门癌重要诊断方法。早期表现为细微的粘膜改变，可以发现溃疡龛影以及不很明显的充盈缺损。晚期贲门癌X线观察非常明确，包括软组织影、溃疡、充盈缺损、粘膜破坏、龛影、下段食管受侵、贲门通道扭曲狭窄、以及胃底大小弯胃体都有浸润胃壁发僵胃体积缩小。在早期X线钡餐造影检查中必须进行纤维胃镜检查合并涂刷细胞学及活检病理才能很好确诊。
贲门癌诊断在临床上主要有X线钡餐造影检查，内腔镜检查，B超检查，CT检查等几种常用的诊断方法，其中X线钡餐造影检查是喷门癌鉴别重要诊断方法。
