藿香正气液的功能主治为：解表化湿，理气和中。用于外感风寒，内伤湿滞，夏伤暑湿，头痛昏重，脘腹胀痛，呕吐泄泻，胃肠型感冒。
一、与功能相关的临床研究
上海中医药大学附属曙光医院、上海医科大学附属华山医院、上海第二医科大学附属瑞金医院联合进行临床研究：用藿香正气液治疗胃肠型感冒、急性胃肠炎、慢性结肠炎、慢性胃炎、暑湿病共142例，结果总有效率92%，且疗效优于正气水，未见毒副反应。藿香正气液的促胃肠动力作用，效果优于吗丁啉。
为进一步验证藿香正气呢液疗效和安全性，为中药保护提供临床验证情况，重庆市中医研究所附属医院、重庆市中西医结合医院、重庆第三人民医院于2003年12月至2004年4月进行多中心、随机、平行对照评价藿香正气口服液治疗外感风寒、内伤湿滞的有效性和安全性，共收集病例420例(其中治疗组300例，对照组100例)，总有效率为87%，整个治疗过程中未发生与药物有关的不良反应。
二、扩展性临床研究
手足口病。将156例手足口病患儿随机分为治疗组80例，对照组76例。两组均用常规抗病毒治疗，治疗组加用藿香正气口服液治疗。结果：治疗组手足口病患儿的痊愈率为72.5%，明显优于对照组的48.7%(P<0.01)，无一例并发症发生。
海洛因戒断综合征。排除驱体严重疾患，且符合阿片类药物成瘾诊断标准，尿吗啡检测阳性的海洛因依赖者143例，随机分成3组。治疗组A和治疗组B均服用藿香正气液，结果治疗组各稽延性戒断症状评分明显低于对照组(P<0.01);治疗组一年内复吸率明显低于对照组。说明早期运用藿香正气口服液缓解戒断症状和稽延性戒断症状疗效更优。
研究发现，藿香正气液可治疗胃肠型感冒、阴暑、大棚综合征、手足口病、小儿高热、慢性浅表性胃炎、糖尿病性胃轻瘫、老年性腹胀、婴幼儿重症肺炎胃肠衰竭、反流性食管炎、呃逆、代谢性酸中毒、化疗后胃肠道毒副作用、急性酒精中毒、低钾血症、肠易激综合征、溃疡性结肠炎、腹泻、急性胃肠炎、慢性肝炎、戒毒综合征、抗生素致胃肠反应、小儿再发性腹痛、小儿流涎、湿阻等以呕吐、腹泻、腹胀为主要临床表现的疾病等;藿香正气液也用于治疗各种过敏性疾病和感冒、支气管哮喘等呼吸系统疾患;藿香正气液还用于辅助治疗冠心病、治疗急性高山反应、眩晕、嗜睡、失眠、偏头痛等疾病。藿香正气液治疗内科疾病中以消化系统症状为主要表现的疾病为主，并对呼吸系统、心血管系统、神经系统疾病或症状亦有疗效。
三、预防应用
1、防治感冒：对暑湿感冒、胃肠感冒、风寒感冒效果良好。夏天常见的暑湿感冒、冬天常见的风寒感冒、春秋常见的“胃肠型感冒”，症见头痛昏重、胸膈痞闷不适，喝藿香正气液均有良好的防治作用。入选中华医学会儿科分会《小儿感冒中医诊疗指南》，适用于小儿感冒等。
2、防暑解暑，防治空调综合症：防治高热环境、中暑，密闭空间(如大棚、空调)引起的头痛头晕乏力等各种不适。是夏季高温工作岗位劳动保护品，居家出行防治中暑、防治空调病、安全度夏必备。
3、防治各种胃肠症状：缓解麻辣、生冷、饮酒等引起的肠胃不适;防治因消化不良、胃炎、肠炎、食管炎、胃轻瘫、药物胃肠道副作用、化疗、戒毒等各种原因导致的腹胀、腹痛、腹泻、反胃、呕吐、呃逆等。
4、防治哮喘、夏季皮炎、荨麻疹、小儿痱子等过敏性疾病。可外用。
5、防治晕车晕船、水土不服。
四、疫情防治
1、入选2005卫生部发布的《人禽流感诊疗方案》推荐中药名单;
2、入选人感染猪流感诊疗方案(2009版)》;
3、入选《传染性非典型肺炎(SARS)诊疗方案》防治药物。