一、胃肠调节作用
1、胃肠蠕动推进和抑制双向作用
藿香正气液可以改善外感风寒、内伤湿滞所致的胃肠功能紊乱。
实验研究证明：藿香正气液能增加正常小鼠的小肠推进功能,对阿托品抑制小鼠小肠运动有明显的兴奋作用;对新斯的明所致小鼠小肠运动有明显的抑制作用。这表明藿香正气液对小鼠小肠具有双向调节作用。藿香正气液还能明显延长番泻叶所致小鼠腹泻的潜伏期,减少小鼠的腹泻次数，并有止呕作用,可以延长家鸽呕吐的潜伏期,减少呕吐次数。
2、肠屏障功能保护作用
藿香正气液,可促进病人胃肠功能恢复,尽早恢复肠内营养支持,从而降低感染、电解质紊乱等并发症。
实验研究证明：藿香正气口服液可显著降低NO浓度,减少肢体缺血—再灌注模型大鼠的肠壁各层内肥大细胞数量,抑制TNF-A等细胞因子的释放,减轻相关的病理程度。另外,对肠粘膜的保护作用还包括通过增强杯状细胞分泌功能,提高肠道自身防御体系。因此,藿香正气口服液对肠屏障功能的保护是多方位、多靶点立体发挥作用。其作用既有对肠组织形态、结构等机械屏障的保护作用,又有抑制细胞因子释放,加强免疫屏障作用，同时可直接对肠上皮细胞起稳定作用。
二、抗病毒抗菌作用
藿香正气液对大肠杆菌和痢疾杆菌I型的最低抑菌浓度为6.95mg/ml，对金黄色葡萄球菌、痢疾杆菌II型、链球菌的最低抑菌浓度为13.9mg/ml，其作用强于藿香正气水和合剂。
感染轮状病毒(HRV)24h的BLAB/c小鼠按1.62g/kg的剂量灌胃0.67g生药/ml的藿香正气口服液，每日灌胃3次，能降低小鼠病死率，改善小鼠小肠黏膜组织病变，HRV抗原转阴率为50%。
平皿内药液稀释法证明,藿香正气液对藤黄八叠球菌、金黄葡萄球菌、痢疾杆菌及沙门氏菌等8种细菌均有不同程度抗菌作用,其中尤对藤黄八叠球菌及金黄葡萄球菌作用较强。另外，藿香正气液对金黄葡萄球菌、甲乙型副伤寒杆菌及痢疾杆菌有明显抑制作用。
三、抗炎抗过敏作用
实验表明本方组成药多数有抗过敏作用。研究表明：藿香正气方抑制大白鼠的被动反应、抑制抗原体反应、稳定肥大细胞膜、阻断肥大细胞脱颗粒释放介质、减轻炎症反应、改善细胞结构和功能等作用,说明藿香正气方具有变态反应介质阻释药的作用,其强度优于息斯敏。此为本方防治各种变态反应病、过敏性疾病提供了理论依据，且其作用机理与西药抗过敏药不同，无西药相关的副作用，具有极大的开发价值。
四、镇痛作用
采用化学刺激法以及小鼠扭体法做镇痛实验,发现藿香正气液的镇痛作用十分显著。而热板法证明藿香正气口服液用药后有显著提高实验性小鼠痛阈。
本方具有显著的平滑肌解痉作用，用于胃肠痉挛性疼痛，能起到迅速解痉止痛效果。
五、解热作用
本方具有和阿司匹林相同的解热作用。
六、免疫调节作用
给予湿困脾胃型亚健康模型大鼠藿香正气方,通过对一般体征、血清电解质、脏器系数、血清葡萄糖、总蛋白、甘油三酯、血清白介素-6(IL-6)、免疫球蛋白G(IgG)含量等相关指标检测,研究其对湿困脾胃动物免疫及代谢功能的调节作用。结论：能改善模型动物的免疫及代谢功能。目的研究藿香正气提取物调节腹泻型肠易激综合征(IBS)大鼠免疫功能机制。
藿香正气方可调控模型大鼠紊乱的激素水平,达到调节免疫功能的目的。
七、减轻吗啡戒断症状
实验研究观察藿香正气液给药后的大鼠成瘾模型，结果表明藿香正气口服液能显著减少戒断症状,并成量效关系。研究认为藿香正气液具有明显缓解腹泻、流涎、流泪等乙酰胆碱戒断症状及减轻因戒断时多巴胺过度释放导致的激惹、不安、抽搐、跳跃、震颤等戒断症状。藿香正气液尚具有较强的镇痛作用,可有效缓解因戒断时P物质过度释放导致的疼痛，还具有扩张血管降压、减慢心律作用,能减轻因戒断时去甲肾上腺素过度释放导致的血压升高、心律加快等戒断症状。
综上所述,藿香正气液的药理作用广泛,在胃肠道方面具有解痉、调节胃肠道运动、保护肠屏障等作用;其他还有镇痛、抗菌、抗Ⅰ型变态反应、缓解吗啡依赖戒断症状等药理作用。