《无误蒙药鉴》对蒙药学理论体系的形成具有奠基作用，对蒙药学的发展具有深远的影响。首先，《无误蒙药鉴》遏制了药物名称上混淆和谬误的蔓延。在蒙药学的发展历程中，随着藏、汉等兄弟民族的医药学典籍传入蒙古地区，各地蒙医所传承的理论和经验有所差异，各持认药之偏见，错诠甚广，或随意取名，或蒙、汉名混淆，出现了当时药物名称上的混淆和谬误。如：将木鳖子认作抱茎苦荬、大托叶云实认作芡实、苦参子认作决明子、芍药认作土木香、黄芪认作苦参、天花粉认作紫茉莉……等等。《无误蒙药鉴》正其误，使药书诠释与医者经验相符。另外，为了统一药物名称，用蒙、汉、满、藏4种文字注明了药物的名称，还大胆地指出了《蓝琉璃》和《认药白晶鉴》等医药学典籍中的有误之处，并强调了药物的质量、性味、形态与所处的地理、气候环境之间的内在联系。这些理论经后代蒙药学家们的补充、证实、提高，成为现代蒙药学的基本内容。

《无误蒙药鉴》对蒙药学的贡献的第二方面是记载了614种蒙药的功效，这些内容为后世蒙药学方面的著作所继承，成为蒙药学的基本内容。《无误蒙药鉴》对药物的功效的认识有其特色。如：黄金，功效为延年益寿，使老人身体坚实，解珠宝毒。麝香，功效为解毒，杀“粘”，医治虫病、肝炎、肾炎、眼病、脉炎。熊胆，功效是祛腐生肌，收敛脉管。石榴，功效是医治一切胃病，生胃火，祛寒性“巴达干”病。以上这些认识与中医对中药药性的认识完全不同，这样的情况在《无误蒙药鉴》中甚多。说明蒙药学是起源于蒙古族生活地区的一种独立的药学体系，其基础理论和药物功效的认识均不同于中医药，如石榴，中医视其功效为涩肠止泻，止血，驱虫。但似黄金等少数药物的功效的认识上与藏医药具有相似之处。因而不能认为蒙医药是由中医药学衍生的一个分支，只能承认它是一个吸收了藏、汉等兄弟民族医学精华的独立的医药学体系。这一点可从《无误蒙药鉴》中来确认;也可视《无误蒙药鉴》对蒙药学的一个重要贡献;也确认《无误蒙药鉴》在蒙医药史中的重要地位。

《无误蒙药鉴》对蒙药学的第三方面的贡献是对药物的分类。《无误蒙药鉴》对药物的分类以《四部医典》的分类法为依据，并用《晶珠本草》作了补充。据药物的来源、生境、质地、入药部位等诸方面对所收载的614种药物进行了分类。分为珍宝类药物、石类药物、土类药物、汁液精华类药物、树类药物、汤类药物、草类药物、动物类药物、水类药物、火类药物等十大类。并对上述各类药物的来源、分类、性味、功效、炮制方法作了叙述。并附了590幅药物插图。《无误蒙药鉴》的这种分类法与《四部医典》、《晶珠本草》不尽相同，自见特色，是比较科学的，在我国内地本草书中是很少见的。是作者从实际观察中所得出的认识，是有创造性意义的。其至今在天然药物的分类、植物分类学的研究中仍有很重要的参考价值。特别是这种图文并茂的形式说明药物的形态特征的方法对鉴别各类药物将起到直观作用，也为后世考究药物提供了可贵的参考依据。此乃是与《四部医典》、《晶珠本草》的不同之处，可视为其发展。

总之，《无误蒙药鉴》是一本内容丰富，注释精炼而全面系统的名著，具有很高的学术价值和实用价值;其主要内容被后代蒙药学家所继承，对蒙药学的发展具有重要的历史意义。