如卵巢功能未衰竭，并要求生育的患者，可采用激素或其类似物诱发排卵.垂体功能不全。采用绝经后妇女尿中提取的促卵泡成熟激素（hＭＧ），以促使卵泡发育，分泌雌激素。并合并应用类似垂体黄体生成激素的绒毛膜促性腺激素（hＣＧ），可促进卵泡成熟以致排卵，并促进黄体的形成与发育。在性功能低落，卵巢和垂体有正常反应，丘脑下部功能不足或不协调者，即用氯菧酚胺促进丘脑下部促性腺激素释放激素的分泌，以纠正其功能而诱发排卵。丘脑下部功能不足，以致LHRH分泌不足，可采用脉冲式微量LHRH注射法诱发排卵。溴隐亭的应用.用以治疗溢乳闭经综合征患者，其作用是抑制促催乳激素以减少催乳素，开始时用小剂量1.25mg，每天2～3次，如无明显反应即逐渐加量，最大剂量每天不超过10mg。
性激素替代疗法。对先天性卵巢发育不良，或卵巢功能受损或破坏以致早衰者可用激素替代疗法。一般应用性激素人工周期疗法。应用性激素后，出现月经样的周期性撤药性出血，一方面纠正患者的生理和心理状态，另方面促进生殖器官和第二性征有一定程度的发育。小剂量雌激素周期治疗。其作用是促进垂体功能，分泌黄体生成素，从而增加卵巢分泌雌激素，并促进排卵。雌、孕激素序贯疗法。其作用是抑制丘脑下部－垂体轴，停药后月经可能恢复并排卵。雌、孕激素合并治疗。其作用是抑制垂体促性腺激素，停药后偶有回跳作用，而使月经恢复并排卵。用口服避孕药每晚服1次，自月经第五天起服，连服22天停药。下次月经第5天起开始第二疗程，共用3～6周期。诱发排卵。
病因治疗，找到引起闭经的器质性疾病给以恰当治疗。例如结核性子宫内膜炎即给抗痨治疗。宫腔粘连患者应扩张宫腔并放置节育环，以防再次粘连。垂体或卵巢肿瘤在诊断明确后，则根据肿瘤的部位、大小、性质确定治疗方案，选择手术、放疗、化疗其它综合措施。
纠正全身健康情况。女性生殖器官是整体的一部分，因此全身健康将影响生殖器官的情况，故治疗闭经应先纠正患者的全身健康情况。继发性闭经出现后，应及时去医院检查，根据病史及体检、相关辅助检查、激素测定等，寻找闭经原因。治疗上根据不同原因给予相应处理。有些患者经过身心调整或停用避孕药后月经可自然恢复，有些患者经用黄体酮，人工周期以及促排卵治疗后可恢复。卵巢功能受损或破坏以致卵巢功能早衰者可用性激素替代治疗等。
正常月经周期是由丘脑下部－垂体－卵巢轴各个环节的内分泌功能所调节，如果任何一个环节发生障碍就会发生月经失调，有时导致继发性闭经。继发性闭经，其发生的原因既有共同之处也有不同之处。继发性闭经在治疗时应遵循以下几个方面：
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