必需留意的是尽管服药时病毒量可能降至极低甚至验不到，病人仍可以传染爱滋病给他人，因此仍需照旧采取防范措施。
1. 抑制爱滋病病毒逆转录酶阿巴卡韦 abacavir(1592U89,Ziagen)地拉韦啶 delavirdine(Rescriptor)去羟肌苷 didanosine(ddI,Videx)拉米夫定 lamivudine(3TC,Epivir)奈韦拉平 nevirapine(Viramune)司他夫定 stavudine(d4T,Zerit)扎西他滨 zalcitabine(ddC,Hivid)齐多夫定 zidovudine(AZT,Retrovir)2. 抑制爱滋病病毒蛋白酶安普那韦 amprenavir(VX-478，141W94)茚地那韦 indinavir(Crixivan)奈非那韦 nelfinavir(Viracept)利托那韦 ritonavir(Norvir)沙奎那韦 saquinavir(Invirase)经过多年的临床实践，目前认为不应该单用任何一个药，而应该合用几个药，即所谓鸡尾酒疗法。目前有好几种方案，疗效相似。最常见是一个爱滋病病毒蛋白酶抑制药加上二个爱滋病病毒逆转录酶抑制药，或是合用两个爱滋病病毒蛋白酶抑制药。后一种方案服药时间比较方便，疗效更强，但肝毒性及新陈代谢并发症也较多。利托那韦和沙奎那韦合用方案是目前较受推荐的。此外也有同时使用其它三、四个药的方案。治疗目标是降低病毒载量以及重建免疫功能。一般共识是呈症状的病人应该服药。关于无症状者几时开始服药，则有争论。这是因为虽然理论上，乘病毒数量较少时就开始服药更可能有机会控制爱滋病。然而，这些药都有相当多副作用，包括头痛、头晕、厌食、恶心、腹泻、贫血、皮疹、肌痛、末梢神经炎、体形异常等等。 更严重的副作用包括胆固醇升起、脂肪肝、糖尿病及乳酸中毒。另一方面，医治爱滋病的药和许多药都会亘相影响，限制了其它病的用药及治疗。因此，病人生活质素会提早转坏，受药物毒害时期增加。耐药性的病毒也可能提早出现。但原则上，倘若无症状者病毒载量高，免疫细胞少则可考虑开始服药。
医治爱滋病的药物分别属于两类:
虽然说爱滋病未能根治，但还是可以以药物压抑病毒在体内繁殖，而且大多数因爱滋病病毒感染而引起的机会性感染亦有药物可防治。
现在研究发现即使同时使用三种甚至四种药物也不能完全清除人体内的爱滋病病毒。相反，在体内潜伏一段时间后，病毒数量还可能大规模上升。更重要的是，这种治疗每年要花费天文数字般的费用，对大多数发展中国家的患者来说是难以想象的。
到目前为止，还没有根治爱滋病的药物，也没有保护免疫系统免遭爱滋病病毒攻击的药物。
基因治疗爱滋病有效果吗？基因治疗爱滋病是现在最先进的方法吗|？基因治疗爱滋病没有什么副作用吗？
