通常发生以上单个或多个变异就可能造成病毒对某种抗病毒药物的耐药情况的改变，从而影响到整个抗病毒治疗方案的疗效。在联合使用多种、多个药物的时候，病毒变异耐药情况可能会变得更加复杂，通常需要有经验的专业人员结合患儿的具体情况作出判断。
我国国家儿童抗病毒治疗研究对部分研究对象的病毒耐药突变情况做了初步的研究分析。研究显示，患儿体内病毒的主要变异位点及变异的发生率情况如下：nrti相关的变异位点变异发生率是m184v 77.1%、m41l 34.2%、k70r 25.7%、t215y 25.7%、d67n 25.7%。nnrti相关的变异位点变异发生率是k103n 57.1%，y181c 48.5%。
治疗失败意味着患儿的疾病进展甚至死亡，治疗失败的最常见原因是hiv病毒对抗病毒药物产生耐药突变。耐药检测研究逐渐成为越发重要的hiv治疗工作的组成部分，耐药检测结果对于确定避免使用某种药物方面的可靠性较强，但是对于判断某种药物可能的敏感性方面可靠性稍差，耐药检测对于判断正在应用的或近期使用过的药物活性方面更为可靠。
儿童hiv/aids抗病毒治疗的耐药突变问题
我国国家儿童抗病毒治疗研究的结果表明，患儿经抗病毒治疗后临床表现得到改善，患儿的生长发育恢复正常。患儿的免疫功能t细胞亚群经过抗病毒治疗1年，cd4+细胞计数平均上升229个/μl（p<；0.05），病毒载量平均降低2.60 log （p<；0.05）差异均有显着性。提示抗病毒治疗可抑制患儿体内hiv病毒的复制，使患儿免疫功能得到改善。
应根据患儿的病情特点选择具体的治疗方案，一线的治疗方案是2nrti/nnrti。治疗药物均应使用儿童专用药物剂型，例如适用于婴幼儿和低龄儿的糖浆类、悬浊液类药物；适合于大龄儿童服用的片剂和胶囊等，而且也应配备不同剂量的药物供具体的患儿使用，从而有效地保证患儿药物服用剂量的准确性，避免因为药物使用不当造成不良后果。
能够应用于儿童患者的治疗药物种类和成人基本相同，即核苷类逆转录酶抑制剂（nrti）及非核苷类逆转录酶抑制剂（nnrti），蛋白酶抑制剂（pi）。但是能否适合儿童患者的药物剂型和剂量又是十分关键的。药物剂型和剂量不当将直接导致治疗的失败。在曾经应用过成人抗病毒药物的患儿中，耐药病毒出现的比例高于未治疗的患儿。
儿童抗病毒治疗药物和治疗方案
因此儿童的抗病毒治疗在如下的方面有特殊性：抗病毒指征、抗病毒治疗药物的选择、药物疗效、病毒变异、耐药问题，以及对治疗的依从性等。
