美国梅约医学中心建议，如果排便习惯改变，症状超过一星期或10天以上，或者出现其它大肠激躁症症状，最好去让医师检查一下，排除溃疡性大肠炎、克隆氏（Crohn''''s disease）等慢性肠道发炎或是癌症的可能性。
大肠激躁症的药物治疗---找医师检查的好处是因为许多胃肠疾病的症状都很像，要靠医师的专业，才能判定有没有器官病变。若是消化性溃疡，经过幽门螺旋杆菌除菌治疗，治愈率几乎在90％以上，若有癌症，可以早发现早治疗。一位家庭主妇因为胃闷将近一星期，吃胃肠药没有效，求医，检查之后发现是胃癌，立刻手术。
大肠激躁症的药物治疗---由于功能性消化不良和大肠激躁症的一些症状很普遍，许多人胃不舒服或拉肚子，常常是到药房买胃肠药解决了事。胃肠科医师提醒，当这些症状出现时，要多注意一下身体还没有其它异状，譬如体重减轻、吞咽困难、出血、腹部肿块、反复呕吐、或者年纪大于45岁，以及原本自行服用胃药有效，现在却无效的状况，都应该去就医找出病因。
大肠激躁症的药物治疗---对于大肠激躁症的治疗，由于病因不明，因此目前没有特效药，临床上是针对不同症状给药，譬如以腹泻为主的病人，给予吗啡衍生物、胆盐结合剂和抗忧郁症药物来减少解便次数和急迫性，并增加粪便的硬度；对便秘为主的患者，就给予镁盐、乙二醇药物和增加食物纤维来减少排便困难；对疼痛为主的大肠激躁症，则用肌肉松弛剂抑制肠道蠕动等，减轻病人的不舒服和增进生活质量。
