方剂配伍方法有多种，但七情配伍是中药配伍的基本形式，君臣佐使是方剂配伍的主要规则。研究复方配伍的目的在于去除无效物质，优化组合处方，增效、减毒，扩大治疗范围，适应复杂病情，预防药物中毒。主要有以下方法：

1.文献理论研究方法 从经典配伍实例中获得中药复方配伍的规律性认识：如相须相使配伍，能增强药效;相畏相杀配伍，可制约毒性;相恶相反配伍，可增毒减效等。已开始转向应用主因子分析，聚类分析等统计方法对类方方证内涵或方剂配伍特征予以研究，利用计算机技术对古今方剂进行逻辑处理，以客观、更深入地认识方剂的配伍结构，从中医证法方药内在逻辑上揭示方剂配伍和运用规律。

2.临床验证研究方法 即通过临床的医疗实践，考察药物组成变化、药物剂量变化与主治证、疗效之间的关系。疗效可靠的方剂，不仅要针对性强，恰中病情，还须立方严谨，用药主次分明，要做到一点就必须善于巧妙配伍。如黄连配木香善治热痢里急后重，配吴茱萸长于治肝火腹痛吞酸，配肉桂则治心肾不交之失眠。剂量是药性的基础，也是决定药物配伍后发生药效、药性变化的重要因素。以当归补血汤为例，文献记载的当归：黄芪之比除1∶5外，还有1∶6(《外科理例》)，1∶4(《医学心悟》、《时方歌括》)，1∶3(《医部全录》)，1∶2(《血证论》)，2∶5(《东医宝鉴》)，3∶8(《医学入门》)，3∶10(《女科撮要》)。而临床观察显示，当归：黄芪为1∶2时偏于养血益气，抗缺氧作用最为显著;为1：1时偏于益气活血兼养血，显著增强红细胞膜流动性。由此可见，不同剂量比例各有自己的作用优势。

3.实验研究方法 考察复方配伍、配比与化学成分、药理效应变化之间的相互关系。

①化学研究方法 研究配伍或煎煮制备过程中化学成分所发生的量的变化和质的改变。如甘草酸具有抗过敏、抗炎作用，这与麻黄汤止咳平喘功效有密切关系。采用HPLC测定麻黄汤各药分煎与合煎后甘草酸的含量发现，合煎后的分量>甘草单煎的分量。用HPLC法测定肉桂与黄连不同配比对黄连生物碱含量的影响，发现肉桂的配比越大，黄连生物碱的含量越少。中药配伍后还会出现原单味药不含有的成分。如单味的人参、麦冬、五味子在煎煮前均不含5-羟甲基-2-糖醛(5-HMF)，单味五味子在煎煮后产生少量5-HMF，而当生脉散三味同煎或五味子、麦冬同煎时，产生大量的5-HMF，而5-HMF具有抗氧化和保护心血管的作用。

②药理研究方法 研究不同配伍配比与药理效应、协调作用、毒性之间的关系。鄢顺琴等通过观察枳实与白术不同比例配伍组方(2∶1;1∶1;1∶2)对胃肠排空推进作用的影响，发现不同配伍比例的枳术丸有不同程度的作用，以枳实与白术比例为1∶2时作用最明显。说明枳术丸原方组方剂量配比关系的合理性，证明中药配伍剂量的变化对中药复方疗效的影响很大。