非淋菌性尿道炎指的是淋病双球菌以外的其它微生物所致的尿道炎，也称为非特异性尿道炎。这类尿道炎中，已知其病原体的，则称为真菌性尿道炎和滴虫性尿道炎等，而不再包括在非淋菌性或非特异性尿道炎之内。

目前，通常被称为非淋菌性尿道炎的是指衣原体(占40%-50%)、支原体(占20%-30%)及一些尚不明致病病原体的尿道炎。

非淋菌性尿道炎与淋病一样，也多发生于青年性旺盛期，25岁以下占60%。60年代以来非特异性尿道炎发病率骤增，在欧美已超过淋病居性传播疾患发病率的首位。80年代美国每年新发生的病例达300-1000万人。

(一)衣原体

根据许多国家报告，NGU中30%-50%，淋病病人中20%和性活动强但无尿道炎症状的人中0.5%，以目前常用的培养方法，尿道分泌物可培养出衣原体。女性病人因多数无症状或仅表现为白带增多等妇科症状，难以确定其发病率，有人估计女性病人可能为男性的4倍。 衣原体是一种寄附于腺上皮细胞胞浆内的微生物。呈球型，有特殊的生长周期。每个生长周期有两种发育型。 感染型为原体(elementary body)呈球形，大小介于细菌与病毒之间(300-400mm)。原体可在细胞外生存，有感染性。当其附着在易感细胞表面时，被细胞吞饮，在细胞内原体变成另一种繁殖型。 繁殖型即始体(initial body)始体呈圆形或椭圆形。始体按二分裂方式繁殖，最后始体重新组织成原体，从细胞内释放出来，再感染其他健康易感细胞。整个生长周期为72h。 衣原体分类：1、鹦鹉热衣原体。2、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis) 沙眼衣原体至少有15个血清型。D-K8种血清型与NGU有关。L1、L2、L33个型与性病性淋巴肉芽肿(第四性病)有关。

(二)支原体

1、分解尿素支原体(ureaplasma ure-alyticum)是一种原核微生物。能产生尿素分解酶分解尿素。呈球杆状。因其缺乏坚硬的细胞膜，故不为青霉素所抑制，四环素、红霉素、壮观霉素对之有效。现已从人类泌尿生殖道分离出来7种支原体，其中分离率较高而与泌尿生殖道疾病有关，是分解尿素支原体，其次是人型支原体。婴儿或无性交接触的女性生殖道内找不到分解尿素支原体。而性生活越乱，这种支原体阳性率也越高。Mc Donald 1982年报告587例急性尿道炎症状病人中，209例(36%)中段尿中分离出分解尿素支原体。

2、人型支原体(mycoplasma hominis)支原体对外界环境抵抗力弱，45℃15min即可被杀死。对肥皂、酒精、四环素、红霉素敏感。 衣原体除致成尿道炎、眼结膜炎外，还可致成其他生殖器官炎症，如附睾炎、前裂腺炎、宫颈炎、阴道炎、输卵管炎及盆腔炎等。新生儿通过感染的产道可诱发眼结膜炎、肺炎。男性同性恋者，可患直肠炎及咽炎。