卵巢囊腫的檢查方法大約有血液及尿液分析、婦女個人資料收集（包括年齡及是否在停經狀態等）、超音波、電腦斷層、及骨盆檢查等。若是超音波掃描下發現囊腫僅有一個腔室，且非實質樣，便不大可能為惡性的。
因此，若是發現卵巢有囊腫時，便須先確定它是會自然消失的功能性囊腫，或是具實質組織的腫瘤。根據美國的統計，發生在29及29歲以下女性的卵巢囊腫中，約有98％為良性的，但在50歲以後則僅約50％屬良性。因此，更年期後的婦女，若發現有卵巢囊腫，便須小心注意。
「水瘤」您聽說過嗎？是否當您一聽到「瘤」立刻會聯想到「癌症」呢？實際的情況並沒有您想像中那麼恐怖，因為水瘤泛指在卵巢上內含液體的囊腫（cyst）。正常的卵巢大小約3.5×2.5×1.0公分，但卻常常因存在有囊腫而變大，這個囊腫正是外包以卵巢組織，而裡面充滿液體的囊狀物，與實體的腫瘤（tumor）並不同。卵巢中的囊腫可能是卵巢正常功能的一部份（因此可稱為功能性囊腫），但也可能是腫瘤的一部份。
健康的卵巢在正常情況下會定期由內含液體的濾泡中釋放卵子，釋出卵子的濾泡接著會變為黃體，這個具功能的濾泡便可稱為功能性囊腫，其大小約2-3公分，若其內充滿血液或液體的話，便可漲至6-8公分。通常這個功能性囊腫會在1-3個月內消失或縮小，這也是為何生殖年齡的婦女的卵巢上，可能一直存在小的囊腫。由於功能性囊腫是會消失的，所以，若是檢查時發現某個囊腫成長迅速，或是持續存在2-3個月，那麼，便需要進一步詳細檢查是否有卵巢腫瘤。不過，停經後的婦女，由於不再排卵，因此，卵巢上不應存有功能性囊腫，若在超音波檢查時發現有囊腫的話，便須再作詳細評估。
一般說來，功能性囊腫並不會造成明顯症狀，若有的話，可能為月經失調，或是囊腫扭轉造成的下腹痛、噁心、嘔吐、肩膀痛、或甚至導致休克。而正因為功能性卵巢囊肿並不會有症狀，功能性卵巢囊肿所以一般人都不會察覺，功能性卵巢囊肿僅在例行的婦科檢查中被告知。
至於治療則須依囊腫的種類而異，若囊腫為功能性的，則只需等待其自行消失即可；若囊腫未消失，則醫師可能會建議婦女服用2-3個月的避孕藥來抑制卵巢活動，如此囊腫問題便可解決；若是囊腫的直徑超過5-6公分時、發生扭轉或破裂時、或是不斷長大時，便須利用手術來切除了；此外，若囊腫有任何腫瘤的懷疑時（不論良性或惡性），最好將之切除
