对于难治性肾病，如激素治疗耐药(泼尼松正规治疗8周无效)、频繁复发(泼尼松治疗初次有效后6个月内复发2次，或1年内复发3次以上)、激素依赖(停用激素或减量后在14日内复发，且重复2次以上)，可用环磷酰胺静脉冲击治疗、甲基氢化泼尼松冲击治疗、环孢菌素A和抗凝治疗等。
在肾病治疗过程中往往容易出现复发，复发主要与感染有关，最常见的感染就是呼吸道感染，包括肺炎，其次是腹膜炎，严重的甚至发生败血症。因此，患儿不要到人多的地方去，卧室要通风，避免交叉感染。各种预防接种应该推迟到肾病完全缓解2年后进行。
原则五：预防复发
为了预防复发，经激素治疗的患儿尿蛋白转阴后家长不得擅自减少激素用量或停药，必须在肾脏病专科医生的指导下逐步减少激素的使用剂量。一般在尿蛋白转阴后继续激素治疗巩固2周，一般足量不少于4周，最长8周。在巩固维持阶段，为了减少药物的副作用，可采用隔日每千克体重2毫克的方法，以清晨一次顿服为好，继续服用4周，视尿常规恢复情况逐渐减量。一般每2～4周减量一次，每次减量2.5～5毫克，以防复发。
原则四：减药要慢
激素治疗期间要注意尿蛋白的改变情况以及每日尿量、血浆蛋白的恢复情况等。由于长期使用激素容易出现副作用，故应密切观察，如血压的改变、体重、体态等，警惕有无感染及潜伏病灶的扩散。遵医嘱及时补充钙质，以免发生骨质疏松或手足抽搐症。因药物引起的体态改变在停药后可自行恢复，家人不必顾虑重重。出院后仍应定期去医院肾脏科门诊随访、复查，逐渐递减剂量，千万不要擅自骤然停药。用药时间越长，递减速度应越慢，以避免复发。
原则三：要勤观察
激素治疗的疗程有短程、中程和长程之分。短程为激素治疗8周;中程为激素治疗4～6个月;长程为激素治疗9～12个月。短程疗法的优点是激素副作用少，缺点是易于复发，国内少用。目前国内通常采用的是长程疗法，即用激素维持一个比较长的治疗时间，巩固疗效，其优点是复发较少，但是副作用较多。
原则二：维持要长
激素治疗肾病综合征的疗效与剂量有一定关系。新诊断的病例，初始治疗阶段应力求尽快诱导尿蛋白转阴，开始剂量要足够大，才能诱导症状迅速缓解。激素通常用泼尼松，每人每日每千克体重1.5～2毫克，分3次口服(最大量每人每天不超过60毫克)。
原则一：始量要足
小儿肾病治疗的基本原则是一旦确诊就应尽快使用激素诱导缓解，并且做好家庭护理防止疾病复发。但由于大剂量激素长期治疗容易产生副作用，所以必须在专科医生的指导下合理用药。激素治疗应该遵循以下五个原则：
