非淋菌性尿道炎的治愈标是：自觉症状消失，无尿道分泌物，尿沉淀物涂片检查无白细胞出现，碘染色涂片也未见衣原体包涵体等。只有正规医院的化验结果才是衡量治愈与否的根据，不能单凭以自己的感觉而随意中断治疗。
若非淋菌性尿道炎不经治疗，约70％的患者在6个月内症状可完全消失，但症状消失并不意味着疾病已治愈，需经分泌物培养证实。
治非淋菌性尿道炎，疗程结束后1周，如病人仍有症状，应重新检查各种化验项目。仍有炎症存在则需进一步检查是否有阴道滴虫、念球菌或疱疹病毒等病原体感染。如果仍为阳性，则可再治疗一次。如果经过重新治疗后症状仍不消失，则应该追查其配偶感染的情况及其有无异常性生活习惯，因为反复发作、症状持续不消退的病人多半是与有传染性的性伴保持性接触有关，所以需要对其配偶同时进行治疗和终止不正常的婚外性关系。这是治疗成功的关键。
如果同时患有淋病，则应先以青霉素治疗淋病，然后再使用四环素或红霉素等治疗。由于四环素对沙眼衣原体的治疗效果较好，而对解脲支原体较差，可考虑使用红霉素。
（5） 氟哌酸对衣原体有一定的疗效，每日400毫克，连续7天 – 10天。
（4） 美满霉素每日两次，每次200毫克，第2天起改为每次100毫克，每日两次，共8天。
（3） 强力霉素每天两次，每次100毫克，共7天。
（2） 红霉素每天4 次，每次500毫克，共7天。
（1） 四环素每天4次，每次500毫克，口服共14天。
非淋菌性尿道炎的症状虽然并不十分明显，但如果不及时治愈，日久将有出现并发症的危险，因此患病后应及时到有条件的医院诊治。治非淋菌性尿道炎不要向医生隐瞒病史，也不要自己滥用抗生素，以免延误治疗。只要配合医生治疗，严格遵守医嘱，非淋菌性尿道炎是可以治愈的。由于衣原体生长周期长，所以应较长期用药，又因非淋菌性尿道炎易与其他病原体混合感染，故此，治非淋菌性尿道炎采用广谱抗生素疗法，并且强调要连续不间断，用药要规则、足量,彻底治疗。下面是常用的几种抗生素疗法：
