病原治疗的目的是既要杀灭红内期的疟原虫以控制发作，又要杀灭红外期的疟原虫以防止复发，并要杀灭配子体以防止传播。
基础治疗 疟疾防治①发作期及退热后24小时应卧床休息；疟疾防治②要注意水份的补给，对食欲不佳者给予流质或半流质饮食，至恢复期给高蛋白饮食；吐泻不能进食者，则适当补液；有贫血者可辅以铁剂；疟疾防治③寒战时注意保暖；大汗应及时用干毛巾或温湿毛巾擦干，并随时更换汗湿的衣被，以免受凉；高热时采用物理降温，过高热患者因高热难忍可药物降温；凶险发热者应严密观察病情，及时发现生命体征的变化，详细记录出入量，做好基础护理；④按虫媒传染病做好隔离。患者所用的注射器要洗净消毒。
控制发作 磷酸氯喹（Chloropuine phosphate）简称氯喹，每片0.25g(基质0.15g)。第一天4片，6小时后再服2片，第2、3天每天2片，共计10片。治疗间日疟及三日疟第1天4片已足；治疗半免疫者单剂4片即可。该药吸收快且安全，服后1～2小时血浓度即达高峰；半衰期120小时；疗程短；毒性较小，是目前控制发作的首选药
