最近医学界经过临床及免疫研究，已确定其病原为病毒感染，而导致口腔溃疡的两种病毒分别为人类巨细胞病毒和ER病毒。其中人类巨细胞病毒潜伏在血液中的T淋巴细胞，ER病毒则潜伏在血液中的B淋巴细胞，人们一旦感冒、情绪压力大、身体疲倦或精力不足、免疫力差等，病毒就会发作。

医学研究也发现，这类病毒属于原发性病毒，人类感染后即存在体内，藏在表皮下的血管中，并在细胞核中繁殖。当身体免疫系统异常时，如感冒会激活潜伏在体内的病毒，这些病毒会特别活跃，溃疡也会明显恶化。
第一， 局部治疗。主要是消炎，止痛，促进溃疡愈合。可以使用过氧化氢（双氧水）盐水漱口，洗必泰含漱液消炎或者0.5%达克罗宁液（外用）止痛、溶菌酶口含片消炎止痛、消肿。

治疗口腔溃疡效果较好的药物有金霉素甘油、龙胆紫、三七粉、青吹口散、西瓜霜、珍珠粉等。另外，膜剂的治疗效果也不错，膜剂是以一种高分子材料为基质，吸附了一种或数种药物成分，维护时间长的药物。它能比较牢固地粘附在溃疡表面，充分发挥消炎、防腐、止痛和促进愈合的作用，如意可贴等新药。

第二，全身治疗。全身治疗可口服维生素C、复合维生素B族，有促进上皮愈合功能的叶酸和微量元素铁、锌。使用抗过敏、抗炎药物如肾上腺皮质激素、泼尼松、免疫增强剂如转移因子等，但要在医生指导下使用。用药期间应保持充足睡眠，全面营养，忌食辛辣，注意口腔卫生，保持大便通畅。

第三，中医治疗。中医药治疗口腔溃疡，以滋阴清热、清胃降火为原则，一般用泻火解毒、清利湿热的治法。除可用方剂水煎服外，常用的有牛黄解毒片、牛黄清胃丸、清胃黄连丸等。
第四，治疗口腔溃疡有很多小偏方，得了口腔溃疡后不妨试试看。

六神丸：取六神丸1支(30粒)碾碎成粉，加2毫升凉开水浸透成稀糊液。先清洁患者口腔，然后用细长棉签蘸上六神丸液涂于溃疡面，以餐前1~15分钟用药效果最好，每天3次，睡前加用1次。一般用药5分钟即可起到止痛效果。小溃疡1-2天可痊愈，溃疡面较大者5天痊愈。
云南白药：用云南白药外敷口腔溃疡创面，一日2次，一般2~3天痊愈。
维生素C ：将维生素C药片1-2片压碎，敷于溃疡面上，闭口片刻，每日2次。
庆大霉素：用消毒棉签蘸取庆大霉素4万单位2毫升注射液轻涂口腔内溃疡面，数分钟后再涂一次，每日4次，即三餐后和睡前，漱口后涂上药液，一般2-3日即愈合。
95％乙醇（酒精）：用棉签沾上，轻压口腔溃疡点，并轻轻转动棉签除去溃疡面上的腐败组织，每天2-3次，每次20-30秒。绝大多数在2-3天愈合。
蜂蜜疗法：将口腔洗漱干净，再用消毒棉签将蜂蜜涂于溃疡面上，涂擦后暂不要饮食。15分钟左右，可用蜂蜜连口水一起咽下，再继续涂擦，一天可重复涂擦数遍。
硫酸锌疗法：服用硫酸锌片或12％硫酸锌糖浆，成人每次40-80毫克，1日3次，一般连用5-7天即可痊愈。
木耳疗法：取白木耳、黑木耳、山楂各10克，水煎、喝汤吃木耳，每日1-2次，可治口腔溃疡。
可可疗法：将可可粉和蜂蜜调成糊状，频频含咽，每日数次可治口腔发炎及溃疡。
白菜根疗法：取白菜根60克，蒜苗15克，大枣10个，水煎服，每日1 2次，可治口腔溃疡。
菜籽疗法：取白萝卜籽30克、芥菜籽30克、葱白15克，放一起捣烂，贴于足心，每日1次，可治口腔溃疡。
苹果疗法：取1个苹果（梨也可以）削成片放至容器内，加入冷水（没过要煮的苹果或梨）加热至沸，待其稍凉后同酒一起含在口中片刻再食用，连用几天即可治愈。
核桃壳疗法：将30-50克核桃熬水两次，每天早晚各服1次。
鸡蛋：鸡蛋打入碗内拌成糊状，绿豆适量放陶罐内冷水浸泡十多分钟，放火上煮沸约1.5分钟(不宜久煮)，这时绿豆未熟，取绿豆水冲鸡蛋花饮用，每日早晚各一次，治疗口腔溃疡效果好。
西瓜：西瓜半个，挖出西瓜瓤，挤取汁液，瓜汁含于口中，约2-3分钟后咽下，再含新瓜汁，反复数次。
西红柿：西红柿汁含口中，每次含数分钟，一日多次。
柿霜：从柿饼上取柿霜，用开水冲服或加入粥中服用。
姜水代茶漱口法：口腔溃疡用热姜水代茶漱口，每日2-3次，一般6-9次溃疡面即可收敛。
鲜苦瓜160克（干品80克），开水冲泡，代茶饮。1日1剂。一般连用3-5日可显效。
采八九个带花萼的小月季花，捣烂，加一小杯蜂蜜调成糊状，涂口疮患处，一般3-5次，需要提醒你的是，这种经久不愈的溃疡，也有可能是一种癌前病损，极易癌变。如果你经常罹患口腔溃疡的话，就需要注意上述的问题。5次即愈。

第五，口腔溃疡治疗期间要合理护理。每日观察口腔粘膜的颜色、有无出血等情况。注意有无新的溃疡，养成晨起、饭后和睡前进行口腔清洁的良好习惯。