被性病性淋巴肉芽肿衣原体感染后，经过7～12天，平均10天，即可出现症状。一般分为3个阶段。
早期阶段：男性可在阴茎体、龟头、冠状沟、包皮处，女性常在小阴唇、尿道口周围等处，出现无痛性丘疱疹或小水庖，庖破后呈糜烂面，严重者可形成溃疡，称初疮。一般是单个，多个者少见，不痛不痒，也不硬，没有什么感觉，故常被忽视。1周左右，病损可痊愈。
中期阶段：经过3～6周，衣原体可侵犯淋巴系统，出现腹股沟淋巴结肿大，有2/3的患者可有双侧淋巴结发炎。腹股沟处先有酸痛、发硬，然后肿大并互相粘连，形成一个硬块。肿大的淋巴结在腹股沟韧带的上下方突出皮面，使腹股沟韧带处形成一凹槽状沟，这是本病的一个特征。硬块处的皮肤呈微红或紫红色，约经1周可软化破溃，流出淡黄色浆液或血性分泌物，形成多个瘘管，数周后留下疤痕。病程短者为数周，长者至数月。当淋巴结肿大化脓时，可出现全身症状，如畏寒、发热、头痛、乏力、厌食、肝脾肿大和关节痛。
晚期阶段：晚期病程长，常年不愈。本病晚期的主要病变为生殖器部位淋巴管慢性发炎。男性阴茎或阴囊可发生反复溃疡、结瘢，导致局部变形。女性由于直肠周围炎症，可使直肠狭窄，产生便秘或大便变细。时间长了有癌变的可能。
