为指导当前地震灾区做好重点传染病鼠疫霍乱预防控制工作，严防灾后疫情传播和蔓延，卫生部5月18日印发了针对鼠疫霍乱、炭疽3种传染病疫情的应急处理预案，并正在组织编写其他部分重点传染病疫情应急处理预案。这些预案将陆续印发各地。
《地震灾区鼠疫疫情应急处理预案》指出，地震使环境遭到严重破坏，导致人与疫源动物及媒介的接触发生变化，存在造成鼠疫流行的风险。《预案》提示，如果发现啮齿动物，包括野生的黄鼠、沙鼠、旱獭等或家栖的鼠类，不明原因地大量死亡，应当及时报告当地的防疫机构，以便采取适当的措施。在鼠疫霍乱流行季节，鼠疫疫区、历史疫区或疑似疫区内，或10天内去过上述地区，诊断不明且有出现高热、感染性中毒及意识不清，无外伤感染而淋巴结肿大并伴剧烈疼痛和高热，高热并伴有咳嗽、胸痛、咯血，高热伴皮肤水泡或溃疡等症状之一者，均应作为疑似鼠疫病人报告。
《地震灾区霍乱疫情应急处理预案》提出，在地震灾区范围内，凡发生霍乱病例1例及以上的疫情，即启动该预案。要加强疑似霍乱病人监测，特别是完善腹泻等症状监测；对可能受污染的灾区水体和食品等进行采样送检，并可根据实际情况加大监测的范围和频次；对厕所、粪坑、苍蝇及其他外环境进行采样送检；重点抓好水源保护和饮水消毒，鼓励群众喝开水，在没有条件的地方，要推行用漂白粉及漂白粉精片对饮用水进行消毒。同时，要加强对食品卫生和集市贸易的管理；消灭苍蝇、蟑螂等病媒；做好群众的卫生防病宣传教育和动员工作。
《地震灾区炭疽疫情应急处理预案》指出，震中所在地阿坝州为近年来炭疽病例报告较多的地区，地震波及的甘肃、青海、贵州、云南等地均有炭疽流行。《预案》提出的主要应对措施包括：对可疑污染地区的施救人员的健康状况进行监护，有发热等异常情况，及时报告所在单位领导及卫生防疫部门，及时治疗，密切观察病情变化；防止水源污染，加强饮食、饮水监督；对曾经有疫情发生的地方和可疑污染地区进行监测，喷洒含氯消毒液彻底消毒；一旦发现可疑炭疽病例，应立即给予抗生素治疗，同时对病例进行隔离，对其用具、被服、分泌物、排泄物及用过的敷料等均应严格消毒或烧毁，对病人居住环境及用品进行消毒；对患者的密切接触者和危险人群进行预防服药。环丙沙星、阿莫西林、和强力霉素用于预防效果良好，可根据实际情况选用；发现可疑病畜，要严加管理，死亡后畜尸要彻底烧毁或深埋（坑深两米，并加漂白粉）。
